L'église est devenue paroissiale depuis le Concordat (1801)
Rétablissement en France de la Trappe, d'où le nom de trappistes ou cisterciens réformés (1813)
Au cours du XIXe siècle sont installés les autels de pierre des chapelles rayonnantes.
L'abbé Jean-Baptiste Muard rassemble à Pontigny un groupe de prêtres auxiliaires du clergé diocésains (1842) qui deviendra la Congrégation des Pères de Saint-Edme (1849).
Les moines cisterciens rachètent Cîteaux (1898).
A la suite de l'expulsion des religieux en 1901, les bâtiments sont rachetés par Paul Desjardins qui en fera un centre culturel et intellectuel d'envergure : les
Décades de Pontigny (1905-1940).
Une explosion, à quelques kilomètres de l'abbaye, provoqua de nombreux dégâts dans l'église (1943).Une restauration est entreprise par la direction des Beaux-Arts.
Après la mort de Paul Desjardins, les Pères
de Saint-Edme rachètent l'abbaye et créent
un collège franco-américain (1947-1954)
Le Pape Pie XII établit à Pontigny le siège de la Mission de France (1954).
Le séminaire de la Mission de France va occuper les
bâtiments de l'abbaye (1954- 1967). En 1967, la direction et le séminaire sont transférés dans le Val-de-
Marne. Pontigny devient une "prélature territoriale" relevant de l'évêque de la Mission de France. Les bâtiments de l'abbaye sont occupés par un centre de rééducation professionnel appartenant à la Ligue pour l'Adaptation du diminué physique au travail (ADAPT) (1968). L'ADAPT quitte Pontigny en 2005.
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